In una Tokyo moderna, gli Alice sono dei geni dotati di poteri speciali, protetti dal governo e considerati tesoro nazionale. Essi frequentano una scuola “speciale”, dove imparare a padroneggiare le loro abilità: questa scuola è l’Accademia Alice.
La protagonista della storia è Mikan Sakura, una bambina di 10 anni cresciuta in un piccolo villaggio assieme al nonno e alla sua amica del cuore Hotaru. Sono sempre state inseparabili, ma un giorno Hotaru viene chiamata a frequentare l’Accademia Alice, in virtù delle sue doti eccezionali. La separazione tra le due amiche è molto sofferta, ma Hotaru promette a Mikan di scriverle spesso e di venire a trovarla per le vacanze.
Tuttavia, passano 6 mesi e tutto ciò che Mikan riceve dall’amica è una semplice cartolina: perciò si convince che Hotaru l’abbia dimenticata. Tale convinzione si rafforza quando sente parlare alcune sue compagne, che affermano che i genitori di Hotaru non desideravano mandarla in quella scuola, poiché chi vi entra non può più avere contatti col mondo esterno, ma dopo aver ricevuto un’ingente somma di denaro, alla fine Hotaru si era decisa ad andare. Ciò la rattrista molto, poiché pensa che il denaro per Hotaru sia più importante dell’amicizia, ma in seguito ha l’occasione di ascoltare un dialogo tra la madre di Hotaru e il suo insegnante.
Ella afferma che la scelta di sua figlia era stata dettata dal desiderio di fare qualcosa per la scuola del piccolo villaggio, troppo povero per continuare a mantenerla aperta, dove aveva lasciato tante persone a cui voleva bene. Mikan allora capisce di essersi del tutto sbagliata sul conto di Hotaru e decide di seguirla all’Accademia Alice per rivederla ancora. Così fugge da casa di notte, lasciando un biglietto di scuse al nonno. Mikan giunge quindi a Tokyo e dopo varie peripezie trova l’Accademia Alice. Qui però scopre che non le è concesso vedere la sua amica e sta per cedere alla disperazione quando le si avvicinano due loschi tipi, che le fanno credere di sapere come fare per entrare nell’accademia. Però, prima che essi abbiano il tempo di farle del male, Mikan viene salvata da un bellissimo ragazzo, che dichiara di essere un insegnante dell’accademia. Per salvarla, egli usa il suo potere speciale, i Feromoni, che fanno confessare ai due uomini le loro vere intenzioni.
Quando poi il ragazzo usa il proprio potere anche su Mikan, per convincerla a tornare a casa, è stupito dal fatto che esso non abbia effetto. In quel momento si sente una forte esplosione e fa la sua comparsa, quello che secondo l’insegnante (che risponde al nome di Narumi) è lo studente più dotato di tutta l’accademia: Hyuuga Natsume, il cui Alice è il Fuoco. Natsume tenta di scappare, ma viene prontamente fermato da Narumi, che gli fa perdere i sensi con i suoi feromoni. Così, incuriosito dal fatto che Mikan sembra immune al suo potere, Narumi decide di ammetterla provvisoriamente all’Accademia Alice, dove dovrà passare un test per potervi entrare ufficialmente.
Quali misteri si celano dietro le mura di questa scuola “speciale”? Riuscirà Mikan a rivedere Hotaru? E riuscirà a farsi ammettere nella scuola, così da non doversi più separare da lei?